Sequence ME & COVID long : une étude ambitieuse pour rechercher les gènes impliqués dans l’EM/SFC

Après DecodeME, la plus grande étude génétique jamais réalisée dans l’EM/SFC, les chercheurs lancent désormais Sequence ME & COVID long. Leur objectif n’est plus seulement d’identifier des régions du génome associées à la maladie, mais de rechercher les gènes et les mécanismes biologiques qui pourraient contribuer au développement de l’EM/SFC et de certaines formes de COVID long.

Cet article est une synthèse de deux sources complémentaires :

• une interview du professeur Chris Ponting (Université d’Édimbourg), responsable scientifique de DecodeME, réalisée par le journaliste David Tuller en mai 2026 ;

• la présentation officielle du projet Sequence ME & COVID long publiée par Action for ME.

L’objectif est de résumer et de rendre accessibles les principales informations issues de ces deux sources. Certaines informations proviennent directement des explications fournies par Chris Ponting lors de l’entretien, tandis que d’autres sont issues des documents officiels du projet.

À retenir

🔹️DecodeME a montré que l’EM/SFC possède une composante génétique et a identifié huit régions du génome associées à la maladie.

🔹️Sequence ME & COVID long cherche désormais à identifier les gènes précis et les variants génétiques rares susceptibles d’être impliqués dans l’EM/SFC et le COVID long.

🔹️Pour cela, les chercheurs vont analyser l’intégralité du génome de milliers de participants grâce à une technologie de séquençage beaucoup plus détaillée que celle utilisée dans DecodeME.

🔹️L’objectif est de mieux comprendre les mécanismes biologiques de ces maladies, d’identifier d’éventuels sous-types de patients et d’ouvrir de nouvelles pistes pour le développement futur de traitements.

DecodeME : une première étape importante

Lors de son entretien avec David Tuller, Chris Ponting explique que DecodeME poursuivait deux objectifs principaux : déterminer si l’EM/SFC possède une composante génétique et identifier quels systèmes biologiques semblent les plus concernés par ces signaux génétiques.

Grâce à l’analyse génétique de plus de 15 000 personnes atteintes d’EM/SFC, l’étude a montré que la maladie possède bien une composante génétique.

Chris Ponting indique également que les signaux génétiques les plus directs observés jusqu’à présent pointent principalement vers le système nerveux. Il précise que certaines pistes immunitaires existent également, mais que les résultats les plus robustes concernent actuellement des mécanismes neurologiques.

De son côté, Action for ME rappelle que DecodeME a identifié huit régions du génome associées à l’EM/SFC, marquant une avancée importante dans la compréhension biologique de la maladie.

Cependant, DecodeME ne permettait pas de répondre à une question essentielle : quels sont les gènes réellement impliqués dans ces régions du génome ?

C’est précisément la question à laquelle Sequence ME & COVID long tente désormais de répondre.

Ce qui change avec Sequence ME

Pour comprendre l’intérêt de cette nouvelle étude, il faut comprendre ce qui la différencie de DecodeME.

Alors que DecodeME a permis d’identifier plusieurs régions du génome associées à l’EM/SFC, Sequence ME & COVID long vise à explorer l’ADN beaucoup plus en détail afin de rechercher les gènes et les mécanismes biologiques qui pourraient être impliqués dans la maladie.

DecodeME	Sequence ME & COVID long
Analyse d’environ 1 million de marqueurs génétiques	Séquençage de l’intégralité du génome
Recherche de variants génétiques fréquents	Recherche de variants génétiques rares
Identification de régions du génome associées à l’EM/SFC	Recherche des gènes impliqués dans ces régions
Mise en évidence d’associations génétiques	Recherche de mécanismes biologiques plus précis

Du million de marqueurs aux 3 milliards de bases ADN

Lors de son entretien avec David Tuller, Chris Ponting rappelle que le génome humain contient environ 3 milliards de bases ADN.

Alors que DecodeME étudiait environ un million de positions génétiques réparties dans le génome, Sequence ME analysera l’intégralité de l’ADN de chaque participant.

Chaque génome sera lu en moyenne trente fois afin d’obtenir une très grande précision et de réduire les erreurs techniques.

Qu’est-ce que le séquençage complet du génome à longues lectures ?

D’après la présentation officielle publiée par Action for ME, Sequence ME & COVID long utilisera une technologie de séquençage à longues lectures développée par Oxford Nanopore Technologies.

Cette méthode permet non seulement de lire l’intégralité du génome, mais aussi de détecter certains types de variations génétiques particulièrement difficiles à observer avec les technologies plus classiques.

Action for ME indique que cette approche permet notamment d’identifier des variants génétiques rares, de localiser certains gènes avec davantage de précision, de détecter des variations structurelles complexes de l’ADN, d’identifier des portions d’ADN manquantes, dupliquées ou réorganisées, ainsi que d’explorer certains aspects de l’épigénome.

L’épigénome correspond aux mécanismes qui influencent l’activité des gènes sans modifier directement leur séquence ADN.

Ces types de variations sont déjà connus pour jouer un rôle dans de nombreuses maladies et pourraient être particulièrement importants dans des maladies complexes comme l’EM/SFC et le COVID long.

L’objectif principal : identifier les gènes impliqués dans la maladie

L’un des messages centraux de l’entretien est la volonté d’identifier des variants génétiques rares capables d’altérer fortement le fonctionnement de certains gènes.

Chris Ponting explique que les chercheurs compareront leur fréquence chez les personnes atteintes d’EM/SFC à celle observée chez des milliers de témoins sains déjà séquencés avec la même technologie. Ces données de comparaison existent déjà grâce à une biobanque britannique, ce qui permettra aux chercheurs d’analyser plus rapidement les différences entre patients et témoins.

Pour chaque gène, les chercheurs chercheront à déterminer si certaines altérations sont significativement plus fréquentes chez les patients que dans la population générale. Selon Chris Ponting, cette approche pourrait permettre d’identifier de nouveaux mécanismes biologiques et de mieux comprendre les causes de la maladie.

Plusieurs sous-types biologiques d’EM/SFC ?

Une autre hypothèse importante évoquée par Chris Ponting est que l’EM/SFC pourrait ne pas correspondre à un seul mécanisme biologique.

Certaines personnes pourraient présenter des altérations dans un ensemble de gènes, tandis que d’autres seraient concernées par des mécanismes différents.

Si cette hypothèse se confirme, Sequence ME pourrait contribuer à identifier différents sous-groupes biologiques au sein de l’EM/SFC.

Cette meilleure compréhension pourrait aider à expliquer pourquoi les symptômes, les déclencheurs ou l’évolution de la maladie varient parfois fortement d’une personne à l’autre.

Pourquoi les découvertes génétiques intéressent-elles les laboratoires pharmaceutiques ?

Chris Ponting souligne que les découvertes génétiques constituent souvent l’un des arguments les plus convaincants pour encourager le développement de nouveaux traitements.

Selon lui, les variants génétiques rares sont particulièrement intéressants, car ils fournissent souvent des preuves biologiques plus solides sur les mécanismes impliqués dans une maladie. C’est notamment pour cette raison que les entreprises pharmaceutiques accordent une attention particulière à ce type de découvertes lorsqu’elles évaluent de nouvelles pistes thérapeutiques.

Lorsqu’un gène impliqué dans une maladie est identifié, il devient plus facile de comprendre les mécanismes biologiques en jeu, d’identifier des cibles thérapeutiques, de rechercher des médicaments déjà existants susceptibles d’agir sur ces mécanismes ou de développer de nouvelles approches thérapeutiques.

Le chercheur rappelle toutefois qu’il s’agit d’un processus long. Même si des gènes importants sont identifiés, plusieurs années de recherche seront encore nécessaires avant d’espérer des applications thérapeutiques concrètes.

Une étude d’une ampleur exceptionnelle

Selon Action for ME, Sequence ME & COVID long représente un programme de recherche estimé à environ 20 millions de livres sterling.

À terme, les chercheurs souhaitent analyser :
• 9 000 personnes atteintes d’EM/SFC ;
• 9 000 personnes atteintes de COVID long.

L’association indique qu’il pourrait s’agir de la plus grande étude de séquençage complet du génome à longues lectures jamais réalisée pour une maladie.

La phase actuellement financée prévoit le séquençage complet de 6 000 participants atteints d’EM/SFC déjà recrutés dans DecodeME.

Lors de son entretien avec David Tuller, Chris Ponting souligne que ces 6 000 premiers participants pourraient à eux seuls constituer la plus grande cohorte de patients jamais séquencée à l’aide de cette technologie de séquençage à longues lectures.

Chris Ponting précise que l’objectif est d’achever le séquençage de ces 6 000 génomes d’ici mars 2027.

Où en est le financement ?

Les documents officiels du projet indiquent que celui-ci est organisé en plusieurs phases.

La phase de lancement a reçu le soutien de plusieurs organismes, notamment la Schmidt Initiative for Long Covid, la Complex Disorders Alliance (CODA), la Solve ME/CFS Initiative, Action for ME ainsi que des donateurs.

Action for ME précise que le gouvernement britannique a ensuite accordé 4,75 millions de livres sterling pour financer le séquençage des 6 000 premiers échantillons.

La WE&ME Foundation a également apporté un financement complémentaire de 174 414 livres sterling.

Chris Ponting explique toutefois que plusieurs étapes importantes restent encore à financer, notamment l’analyse complète des données ainsi que les futures phases du projet concernant le COVID long.

Le COVID long au cœur du projet

Le projet ne concerne pas uniquement l’EM/SFC.

Selon Action for ME, l’étude inclura à terme 9 000 personnes atteintes de COVID long.

Les critères précis de recrutement sont encore en cours de définition.

Lors de son entretien avec David Tuller, Chris Ponting indique qu’il serait particulièrement intéressant de comparer les personnes atteintes d’EM/SFC avant la pandémie avec celles ayant développé, après une infection au SARS-CoV-2, un tableau clinique répondant aux critères diagnostiques de l’EM/SFC.

Cette comparaison pourrait aider les chercheurs à déterminer si ces deux maladies post-infectieuses partagent certains mécanismes biologiques.

Une recherche construite avec les patients

Comme DecodeME, Sequence ME & COVID long repose sur une forte implication des patients.

Action for ME précise que les personnes vivant avec l’EM/SFC ou le COVID long participeront aux réflexions concernant les priorités de recherche, certaines décisions stratégiques et l’orientation générale de l’étude.

Cette co-construction avec les patients constitue l’un des principes fondateurs de DecodeME et de ses projets associés.

Quand attendre les premiers résultats ?

Chris Ponting indique que le séquençage des 6 000 premiers génomes devrait être achevé d’ici mars 2027.

L’analyse des données nécessitera ensuite au minimum une année supplémentaire.

Les premiers résultats ne sont donc pas attendus avant plusieurs années.

Le chercheur rappelle également que l’EM/SFC a souffert de décennies de sous-financement et de manque d’investissements scientifiques. Selon lui, les technologies désormais disponibles permettent enfin d’étudier la maladie avec un niveau de précision qui n’était pas accessible auparavant.

Ce qu’il faut retenir

DecodeME a montré que l’EM/SFC possède une composante génétique et a identifié plusieurs régions du génome associées à la maladie.

Avec Sequence ME & COVID long, les chercheurs espèrent désormais identifier les gènes impliqués dans ces régions et mieux comprendre les mécanismes biologiques sous-jacents.

Même si les retombées cliniques ne seront probablement pas immédiates, il s’agit de l’un des projets de recherche génétique les plus ambitieux jamais lancés dans l’EM/SFC et le COVID long.

Sources

• Interview de Chris Ponting par David Tuller (mai 2026)

• Présentation officielle du projet Sequence ME & COVID long publiée par Action for ME (mai 2026)